Son üç yıldır, Teikou Ortaokulu efsanevi kadrosu “Mucizeler Kuşağı” ile ulusal basketbol sahnesine hakim olmuştur. Bu kadro, sporda üstün başarı gösteren beş dahi oyuncudan oluşuyordu, ancak gölgelerde gizlenen “Hayalet Altıncı Adam” da takımın saygı duyulan statüsünü kazanmasına yardımcı olmuştu. Sonunda, muazzam büyümeleri sevdikleri spordan bıkmalarına ve liseye geçtikten sonra ayrı yollara gitmelerine neden oldu. Yeni üyeler arayan Seirin Lisesi basketbol takımı, yetenekleri açısından önemli farklılıklar gösteren iki birinci sınıf öğrencisi, Taiga Kagami ve Tetsuya Kuroko'yu takıma alır. Amerika'dan yeni dönen Kagami, hem doğal bir yetenek hem de bu spora karşı sonsuz bir sevgiye sahiptir. Öte yandan Kuroko, varlığı hissedilmeyen ve olağanüstü bir atletik yeteneği olmayan biridir. Ancak daha sonra onun Teikou'nun Hayalet Altıncı Adamı, yani bir zamanlar Mucizeler Kuşağı'nın bir parçası olan oyuncu olduğu ortaya çıkar. Kuroko, Seirin takımına kendi tarzında güçlü olduğunu kanıtlamak ister. Onun kararlılığını gören Kagami, Kuroko ile dinamik bir ortaklık kurar ve Kuroko, Kagami'nin “ışığı”nı “gölgesi” olarak destekleyeceğine söz verir. Yeni Seirin takım arkadaşlarıyla birlikte, yaklaşan Interhigh şampiyonasını kazanmayı hedeflerler, ancak Kuroko'nun eski takım arkadaşlarının yeniden ortaya çıkması planlarını karmaşıklaştırır.