Her okulun sahip olduğu meşhur Yedi Gizem, Japon şehir efsanelerinin temelini oluşturur. Bu hikayelerin en bilinenlerinden biri Hanako-san'ın hikayesidir: okulun banyolarına dadanan genç bir kızın hayaleti. Kamome Akademisi, Hanako-san efsanesinin kendi versiyonuna sahiptir. Söylentilere göre, Hanako-san'ı çağırmayı başaran bir kişi, Hanako-san'ın çağıran kişinin her dileğini yerine getireceğini iddia etmektedir. Dedikoduların cazibesine kapılan pek çok kişi onu çağırmaya çalışmış, ancak her girişim başarısız olmuştur. Ancak, romantik bir şans uman Nene Yashiro, Hanako-san'ı çağırmaya cesaret ettiğinde, söylentilere konu olan “kızın” aslında bir erkek olduğunu keşfeder! Yashiro'nun romantik arzularını içeren bir dizi talihsiz olaydan sonra, istemeyerek de olsa doğaüstü dünyaya karışır ve Hanako-kun'un asistanı olur. Çok geçmeden Hanako-kun'un daha az bilinen görevini öğrenir: ölümlüler ve hayaletler arasındaki hassas dengeyi korumak.